Hanya satu tahun Muchdi PR jadi Danjen Kopassus. Pada 1999, ia kemudian digeser menjadi Pati di Mabes TNI.
Pada 2001, suami dari Puji Astuti itu disebut menjabat sebagai Deputi V Badan Intelejen Negara (BIN).
Saat Munir wafat karena diracun saat terbang ke Belanda, Muchdi PR masih bekerja sebagai BIN. Namanya pun kemudian dikaitkan dengan kasus pembunuhan Munir.
Mengutip dari laporan Kontras, Muchdi sempat diadili pada 2008, tetapi dinyatakan tidak bersalah dan para aktivis menyatakan bahwa proses peradilan berjalan tidak adil.
Baca Juga:Disebut Bjorka Sebagai Sosok Pembunuh Munir, Ini Profil Lengkap Muchdi PR
Selain itu, Laporan Tim Independen Pencari Fakta Kasus Meninggalnya Munir (TPF) pada 2005, yang dibentuk oleh pemerintah, diabaikan oleh pemerintah dan tidak pernah dipublikasikan.
Setelah pensiun sebagai prajurit TNI dengan pangkat terakhir Mayor Jenderal, Muchdi PR lalu terjun ke dunia politik.
Pada 2008 hingga 2011 ia satu gerbong dengan Prabowo Subianto di Partai Gerindra. Setelah itu, Muchdi sempat menjadi kader di PPP dari 2011 hingga 2016. Ia kemudian jadi ketum Partai Berkarya, partai yang didirikan oleh Tommy Soeharto.
