Setiap Dapur MBG dikelola oleh seorang kepala SPPG yang ditunjuk langsung oleh Badan Gizi Nasional (BGN). Kepala SPPG ini bekerja sama dengan seorang ahli gizi dan seorang akuntan untuk memastikan pengawasan ketat terhadap kualitas gizi dan kelancaran distribusi makanan.
Selain memastikan kecukupan gizi dalam setiap porsi MBG, SPPG juga bertugas mengawasi standar kebersihan, pengelolaan gizi, dan pengolahan limbah di setiap Dapur MBG dengan ketat.
